工业循环冷却水、同城中央空调冷却塔等开放式循环系统中，原有的多种活体微生物，在适宜环境下不断繁殖生长，形成藻类、同城粘泥，以至于产生管道堵塞、同城降低热效率、同城引起腐蚀及卫生等多方面问题。藻类的产生降低了设备的工作效率，减少了设备的使用寿命，使经济效益下降。灭藻剂适用于循环冷却水系统，油田注水系统，冷冻水系统中，作为非氧化性杀菌灭藻剂，粘泥剥离剂使用，也可用作晴纶纤维染色的均染剂及其纺织加工前的柔滑和抗静电处理。

在生态环境改善方面，杀菌灭藻剂也具有一定的应用价值。水体中的藻类和其它微生物在适宜的环境下会大量繁殖，形成水华、赤潮等现象，不仅会影响水体的美观度，还会破坏水生态系统的平衡。杀菌灭藻剂的应用能够迅速这些有害生物，恢复水体的生态平衡，为水生生物提供良好的生存环境。 然而，需要注意的是，杀菌灭藻剂的使用也需要遵循科学、合理的原则。过量使用或不当使用可能会对水质造成负面影响，甚至产生二次污染。因此，在使用杀菌灭藻剂时，应根据水体的具体情况和处理要求，选择合适的药剂种类和投加量，并严格控制处理过程，确保水质的和稳定。